其次，按照其组成成分，蛋白质又可被归为简单蛋白和结合蛋白两大类。简单蛋白仅由氨基酸构成，而结合蛋白则是在简单蛋白的基础上结合了非蛋白质成分，如金属离子、糖类或者脂质等，形成更为复杂的分子结构。
再者，依据空间结构特征，蛋白质可分为一级结构、二级结构、三级结构以及四级结构四种类型。其中，一级结构指的是多肽链中氨基酸残基的线性排列顺序；二级结构涉及α-螺旋和β-折叠等形式的空间构象；三级结构描述的是整个多肽链所有原子的具体三维空间布局；而四级结构特指由多个多肽链组成的复合物的整体架构。
此外，在生物学研究领域内还存在其他一些特殊的蛋白分类方法，比如按来源分野生型蛋白与突变型蛋白，或是按表达水平高低区分高表达蛋白与低表达蛋白等等。这些分类对于深入理解蛋白质的功能机制具有重要意义。总之，蛋白质作为生命活动中不可或缺的基本单位，其种类繁多且复杂，每一种都有其独特的作用和意义。
